Un aspecto fundamental del Software Libre (y el Open Source) es que el usuario debe tener acceso al Código Fuente. En sistemas GNU/Linux se tienen los comandos de terminal, que no son más que "pequeños" programas (originalmente hechos en C, por lo general) que hacen (muy bien) pocas específicas cosas (ls, dd, cp, mv, mkdir, grep, lsof, ln, ps, cd, ...). La fuente de esos programas básicos se encuentra en un archivo llamado coreutils que se puede bajar, entre otros lugares, de https://www.gnu.org/software/coreutils/coreutils.html , y cuyo código puede estudiarse para ayuda de los más mortales (como Yo ;)... y para lo cual se tienen proyectos como éste: http://www.maizure.org/projects/decoded-gnu-coreutils/